03.10.2019 года состоялось очередной семинар Института Физических Проблем.

В семинаре выступилa вед., научн, сотрудник Светлана Демухамедова с докладом на тему “ Моделирование взаимодействия гем-растворимой гуанилатциклазы с карнозином”.  Доклад посвящен теоретическому  моделированию   белок-лигандного комплекса с использованием метода молекулярного докинга. Теоретическое моделирование методом молекулярного докинга  позволяет получить набор конформаций лиганда, оптимально расположенных в сайте связывания рецептора и  предсказать соответствующее  им   сродство связывания. Процедура стыковки очень полезна на начальном этапе разработки и создания новых лекарств. В докладе подробно рассказано о программе докинга AutoDockTools и программе 3D  визуализации  и  анализа   лиганд-ферментных   взаимодействий   PyMol.
Впервые  проведена молекулярная стыковка ингибитора карнозина в таутомерной форме N1H с ферментом растворимой гуанилатциклазы (pdb  1xbn). Подробно рассказано о биологических свойствах дипептида карнозина и белка растворимой гуанилатциклазы, необходимости создания новых лекарств, направленно регулирующих активность системы NO-sGC–cGMP и причинах выбора карнозина в качестве ингибитора, тормозящего NO-зависимую активацию. Результаты работы показывают, что таутомер карнозина связывается с активным центром гуанилатциклазы, образуя стабильные комплексы c гемом и аминокислотными остатками и характеризуется сродством связывания в диапазоне от -4,6 до -2,1 ккал/моль для различных его положений и конформаций. Рассмотрены полученные в результате стыковки  позы карнозина  и гема на фоне окружающих аминокислотных остатков, расположенных  в активном центре растворимой гуанилатциклазы. Приведены расстояния, образованные в  результате взаимодействия между атомами карнозина и атомами  гема и близлежащими аминокислотными остатками для стабильных поз связывания.